四月十八日，杨尚昆打电话对赵紫阳说：紫阳同志，你这几天学生悼念耀邦同志的活动怎么看？赵紫阳回答：我已经向乔石、启立同志了解过一些情况，也已经与李锡铭同志通过电话。要北京市密切注意学生的动向。一定要确保耀邦同志追悼会期间的安定。总的说，学生的爱国热情应该予以肯定。十八日深夜，当接到温家宝关于学生在新华门大规模聚集并试图冲击新华门的报告时，赵紫阳说，立即通知德中同志要求中央警卫局紧急集合，要绝对保证中南海的安全，保证新华门的安全。参加保卫新华门安全的警卫人员，一律不准带刺刀，要把枪上的刺刀卸下来来，尽力避免与学生发生肢体接触。同时通知北京市政府。温家宝马上打电话给北京市委值班室，要求北京市委负责人采取措施，并强调，要确保新华门安全，确保学生人身安全。随即，温家宝与杨德中一起赶到新华门，亲自参舆具体部署。
十九日，中共中央发表公告：决定于二十二日上午十时在北京人民大会堂举行胡耀邦追悼大会并遗体告别仪式。当晚，新华门再次发生大规模的学生聚集。深夜，赵紫阳又打电话给李锡铭，具体询问这几天北京市重点高校情况和正在发生的新华门情况，李锡铭在作了简单的介绍后，对赵紫阳说，的确，从十八日起，北京学潮的风向开始转缓。一些别有用心的人正在利用学生。我们正在起草一份给中央的报告。紫阳同志，对于北京这几天发生的学潮，政治局是否开会讨论一次？赵紫阳回答，当务之急是先把新华门的事情处理好。你们的工作要做在前头。
十九日晚，学生在新华门外聚会的消息传到李先念那里，李先念立即打电话给李鹏，说：李鹏同志，学生们已经闹了几天了，怎么现在闹到新华门来了？昨天晚上闹，今天晚上又闹，这到底是怎么回事呵？是不是背后有人操纵啊？王震对学生在新华门外大规模聚会尤其恼火，二十日在见到杨尚昆时，他对杨尚昆说，这些小鬼懂个屁呵！动不动就想闹事，是不是有人要打倒共产党呵？连续两个晚上的新华门事情发生后，李鹏先后对罗干和姚依林说，这几天学潮形式的确趋于复杂了。他再次向李铁映了解情况，要求教委再发一个通知，强调各高校要坚决执行行党中央、国务院的指示精神。并找李锡铭、陈希同等谈话，要求北京市政府作出果断决策。四月二十日，李锡铭、陈希同以北京市委、市政府的名义给中共中央、国务院呈送了第二份报告。报告全文如下：
从四月十八日凌晨开始，北京大学生在天安门广场进行的悼念活勤，由于别有用心的人的破坏出现转向。开始几天，到天安门广场进行悼念的大学生，绝大部份是出于真心，表现了对耀邦同志的深厚的情感，神态真诚，仪式严肃。从十八日凌晨开始，悼念活动出现转向。主要表现是：
悼念活动的开始几天，学生的一些过激活动，经有关人士的劝说，常自行结束或散丢。从十八日开始，静坐的、集会的、演讲的和冲击中南海的学生，则已劝说无效，而且心较齐，行动较统一，显示出有组织的状态。针对这一情况，市委、市政府已采取如下措施控制局势：
一是开展政治攻势，晓之以理。用广播的形式和劝说的方法，向学生讲述道理，揭露少数人的不良企图，引导学生回校学习，有组织地进行悼念耀邦同志的活勤，化悲痛为行动，好好学习。
二是发布通告，制止违法行为。十九日市政府发布三条通告，确保悼念活动正常进行和社会秩序的安定，严防少数人的破坏、捣乱。
三是采取戒严措施，防止事态扩大。十八日和十九日凌晨，为排除学生对中南海的冲击和长安街的交通堵塞，市政府果断决定采取临时戒严措施，驱散新华门前闹事的学生，同时派出车辆，将学生转移回校。
四是紧急召开区、县、局、大学、总公司和大企业负责人会议，介绍情况，分析形势，提出要求。市长陈希同主持会议，市委书记李锡铭、副书记李其炎分别讲话，要求各单位负责人如实讲清情况，揭露少数坏人，积极做好工作，有效引导群众，加强组织纪律，全力稳定局势，以利于悼念耀邦同志的活动正常进行和治理整顿、深化政革的开展。
同日，根据李鹏的指示，李铁映责成国家教委向部份省市教育部门和委属高校发出了第二份《通知》。《通知》指出，对悼念胡耀邦同志的活动，学校党委必须加强组织领导。对学生中的一些意见和怨气，要及时疏导;对错误言论，要旗帜鲜明地予以驳斥;对个别煽动闹事的人，学校领导要找他们谈话，严肃指出他们的错误。
《通知》特别指出，对北京少数人冲击中南海新华门，北京市政府为了维护交通和政府机关正常工作，依法采取了必要的疏散措施，执行任务的武警未带警棍、未着皮带。要估计到有人藉此造谣，注意组织学生学习新华社评论员文章，教育他们不要轻新谣言。同时，要坚决劝阻学生进京。同时，转发了《北京市人民政府通告》